贛州市疾病預防控制中心于2004年經(jīng)市編辦批準成立，是市衛(wèi)生健康委員會所屬的副處級全額撥款公益一類事業(yè)單位，核編150人，內(nèi)設副科級機構(gòu)：辦公室、傳染病預防控制科、免疫規(guī)劃管理科、地方病與慢性病科、衛(wèi)生監(jiān)測科、結(jié)核病預防控制科、艾滋病性病預防控制科、職業(yè)衛(wèi)生科、檢驗科、應急管理科、食品衛(wèi)生科等11個。承擔著全市疾病預防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置、疫情及健康相關(guān)因素信息管理、職業(yè)病診斷與職業(yè)健康監(jiān)護及健康危害因素監(jiān)測與干預、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與促進技術(shù)管理與應用研究指導等7大基本職責。 

中心人員現(xiàn)有正式職工113人，其中專業(yè)技術(shù)人員103人。中心人才梯隊合理，學歷構(gòu)成較高（研究生11人，本科83人，大專12人，中專3人，高中及以下4人），本科以上學歷占職工總數(shù)的83.2%；職稱結(jié)構(gòu)合理（正高1人，副高12人，中級35人，初級37人，無職稱28人）；專業(yè)結(jié)構(gòu)較好（預防醫(yī)學45人，臨床醫(yī)學17人，衛(wèi)生檢驗28人，護理3人，其他專業(yè)16人，無專業(yè)4人）。2009年起，中心成為贛南醫(yī)學院的實習帶教基地。2011年起，中心成為全省疾控人員進修培訓基地。 

近年來，中心成績顯著，先后榮獲2014-2019年中國死因登記報告工作先進集體獎、2019—2020年度腦卒中高危人群篩查和干預項目先進單位等國家級榮譽，市委市政府疫情防控及時獎勵一等獎、共青團贛州市委對團支部通報表揚、贛州市科技工作先進集體、先進市直醫(yī)療衛(wèi)生單位、2019年度綜合治理先進單位、2019年度節(jié)能減排優(yōu)秀單位、2019年度市直機關(guān)五四紅旗團支部（總支）、2019年度黨建工作紅旗單位、2019年度全市衛(wèi)生健康宣傳工作先進單位等榮譽。2020年中心一位個人獲抗擊新冠肺炎疫情全國三八紅旗手稱號，一個集體獲省抗擊新冠肺炎疫情先進集體稱號，兩位個人獲省抗擊新冠肺炎疫情先進個人稱號。