南京市疾病預(yù)防控制中心成立于2001年6月，是由原市衛(wèi)生防疫站、市職防所、市血防醫(yī)院、市皮防所、市健教所、市結(jié)防所等六家單位合并組建而成的公益性事業(yè)單位。2012年3月，職業(yè)病、皮膚病防治等職能從市疾病預(yù)防控制中心剝離，現(xiàn)在南京市疾控中心編制296人，主要承擔(dān)傳染病、寄生蟲病、地方病、非傳染性疾病等預(yù)防與控制；突發(fā)公共衛(wèi)生事件和災(zāi)害疫情應(yīng)急處置；疫情及健康相關(guān)因素信息管理；健康危害因素監(jiān)測與干預(yù)；疾病病原生物檢測、鑒定和物理、化學(xué)因子檢測、評價；健康教育與健康促進；疾病預(yù)防控制技術(shù)管理與應(yīng)用研究等。同時還是全市基本公共衛(wèi)生服務(wù)技術(shù)指導(dǎo)中心和食品安全風(fēng)險監(jiān)測市級中心。除市疾控中心外，南京市共有11家區(qū)疾控中心及江北新區(qū)公共衛(wèi)生服務(wù)中心共同承擔(dān)著南京市疾病預(yù)防控制任務(wù)。

中心現(xiàn)有在崗職工264人，其中事業(yè)編制260人，輔助人員8人，博士8人，碩士84人，本科 153人，高級職稱81人，中級職稱79人。中心占地面積1.8萬平方米，建筑面積1.48萬平方米，其中實驗室用房3700平方米。配備萬元以上儀器設(shè)備330余臺，總價值4700余萬元，建有規(guī)范的無菌室、P2實驗室、PCR實驗室、艾滋病確證實驗室。中心在全省首批通過CNAS實驗室國家認(rèn)可。實驗室擁有實驗室資質(zhì)認(rèn)定、國家實驗室認(rèn)可、省職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生技術(shù)服務(wù)、艾滋病初篩、確證實驗室、寄生蟲病診斷參比實驗室、國家尿碘、鹽碘和流感監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)實驗室、PulseNet 、國家致病菌識別網(wǎng)網(wǎng)絡(luò)實驗室、食品飲用水放射性污染應(yīng)急監(jiān)測實驗室、TraNet China網(wǎng)絡(luò)實驗室等多項資質(zhì)。中心現(xiàn)有兩個省級重點實驗室（江蘇省食品安全風(fēng)險監(jiān)測重點實驗室-微生物病毒領(lǐng)域；理化非法添加領(lǐng)域?qū)嶒炇遥┖蛢蓚€市級醫(yī)學(xué)重點?？疲ㄐl(wèi)生檢驗重點?？?、傳染病預(yù)防控制重點?？疲?。