中心主辦公區(qū)（淮安市枚皋路6號公共衛(wèi)生中心）建筑面積近3萬㎡，獨立實驗樓1.3萬㎡，下設(shè)辦公室、財務(wù)科、應(yīng)急辦、質(zhì)量管理科、科教信息科、后勤保衛(wèi)科、傳染病防治科、慢性病地方病防治科、消毒與媒介生物防治科、公共衛(wèi)生科、營養(yǎng)與食品衛(wèi)生科、皮膚性傳播疾病防治科（性病艾滋病防治科）、結(jié)核病防治科、預(yù)防性體檢科（皮膚病醫(yī)院門診部）、檢驗科、健康教育所16個科室。內(nèi)外環(huán)境優(yōu)美、辦公條件一流，現(xiàn)代化的衛(wèi)生應(yīng)急處置指揮中心和健康教育演播大廳等矗立其間，職工活動中心、閱覽室、配屬食堂等設(shè)施齊備。

中心核定編制216人，現(xiàn)有碩士以上人員90人、江蘇省“333”人才4人、省突出貢獻中青年專家1人、市“533”英才工程培養(yǎng)對象31人，系東南大學、南京醫(yī)科大學、南通大學等高等院校的教學實習基地。十三五以來，累計承擔國家自然科學基金面上項目3項、青年基金項目1項、其他省市級項目50余項，年均發(fā)表學術(shù)論文110篇以上，獲國家、省、市級科技獎8項、國家專利8項、醫(yī)學新技術(shù)引進獎6項。

中心于1989年在全省地市疾控率先通過省級計量認證，擁有食品檢驗機構(gòu)、健康相關(guān)產(chǎn)品法定檢驗單位、職業(yè)健康檢查機構(gòu)、職業(yè)衛(wèi)生技術(shù)服務(wù)機構(gòu)等資質(zhì)?，F(xiàn)設(shè)HIV確證實驗室、PCR實驗室、分子分型實驗室、色譜儀器分析實驗室等18個專業(yè)實驗室，并建成國家流感監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)實驗室、江蘇省食品風險監(jiān)測重點實驗室、江蘇省職業(yè)衛(wèi)生重點實驗室、淮安市突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急檢測重點實驗室等多個省市重點實驗室，擁有二代測序儀、流式細胞儀、病毒載量儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜儀、GC-MS-MS儀、氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀、低本底總αβ放射性檢測儀、液相懸浮芯片系統(tǒng)等各類現(xiàn)代化檢測儀器設(shè)備總值5100余萬元，檢測能力涵蓋了9大類567個項目。

自成立以來，中心貫徹“預(yù)防為主、防治結(jié)合”方針，全力服務(wù)人民健康和“健康淮安”建設(shè)，在歷次應(yīng)對“非典”、新冠肺炎疫情、人感染H5N1、H7N9禽流感、甲型H1N1流感、“5.12”汶川特大地震等重大事件中貢獻突出，各項工作成績斐然。中心連續(xù)三十多年保持“江蘇省文明單位”榮譽稱號，多次榮獲全國消滅脊髓灰質(zhì)炎先進集體、全省衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體、全省疾病預(yù)防控制工作先進集體、市五一勞動獎?wù)碌确Q號。